A lo largo de los años, las universidades italianas han establecido fructíferas relaciones de colaboración con las universidades salvadoreñas, como es bien sabido con un buen nivel académico. También hay un fuerte aumento en las solicitudes de certificación del nivel de estudios para permitir que los estudiantes salvadoreños se matriculen en cursos de estudios de nivel universitario en Italia. En cuanto al sector de la investigación científica, la cooperación intrauniversitaria se ha ido fortaleciendo gracias a los numerosos proyectos de cooperación al desarrollo en el sector.
Particularmente representativo del alto nivel de cooperación interuniversitaria es el proyecto "Creación de una Actividad de Capacitación en Energía Geotérmica en el Sistema Académico Salvadoreño", gestionado por el Instituto de Geociencias y Georrecursos de la CNR de Pisa en colaboración con la Universidad de Palermo y la Universidad de El Salvador (UES): Los cursos de capacitación se llevaron a cabo en 2010 y 2011 y algunos de los estudiantes más merecedores se beneficiaron de becas en Italia.
Entre los proyectos regionales que aún se encuentran operativos, destaca la realización del proyecto denominado RIESCA que prevé, entre otras cosas, la creación de una red interuniversitaria centroamericana de prevención y gestión de riesgos naturales, gestionada por la Universidad de Palermo.
Este año la Universidad de Palermo, en colaboración con la Universidad de Chieti y Pescara, también ha lanzado la iniciativa coordinada con la Universidad de El Salvador que imparte el primer curso universitario en El Salvador en el sector de Ingeniería Geológica, proyecto denominado CASTES.
A lo largo de los años, el Instituto Italo-Latinoamericano ha seleccionado profesores de varias Universidades italianas, entre ellas La Sapienza di Roma y la Universidad de Perugia para el curso "Formación superior de Directivos del SICA" que capacitó a 48 gerentes de los 8 países centroamericanos miembros del SICA en tres sectores: seguridad democrática, energía e integración regional.
La Universidad de Bolonia colabora con el Ministerio de Educación salvadoreño en el proyecto "Apoyo a la promoción y desarrollo de escuelas inclusivas en El Salvador" mediante la elaboración de planes de estudio y la formación de formadores en diferentes centros escolares del país y de técnicos de este Ministerio de Educación.
La Universidad Roma Tre está presente en el Proyecto IILA "Centro de Formación para la Restauración, Conservación y Promoción del Patrimonio Cultural" que realiza cursos de formación para restauradores en los 2 laboratorios creados por el proyecto: el dedicado a la madera policromada en la Casa Barrientos de Izalco y el dedicado a la cerámica arqueológica en el Museo Nacional de Antropología de San Salvador (Muna).
